Begitu banyak keistimewaan sayuran yang dihasilkan dari sistem penanaman hidroponik. Namun, bukan berarti sistem penanaman ini tidak memiliki kelemahan. Ada saja kendala ketika menerapkan hidroponik di rumah. Permasalahan seperti sosok tanaman kerdil, warna daun kekuningan, daun bolong-bolong, akar membusuk, hasil semal tidak kunjung berkecambah merupakan hal yang paling serig dijumpai.