Pembunuhan terjadi di rumah penduduk di pedalaman gunung tempat grup detektif cilik menginap. Apakah itu perbuatan nenek yang mirip penyihir yang tinggal di rumah itu? Selain itu, masa lalu murid pindahan yang bernama Eisuke Hondo, semakin jelas.
Sinichi Kudo adalah seorang detektif SMU yang terkenal. Dia diberi minum racun oleh organisasi misterius sehingga badannya mengecil. Untuk menyembunyikan identitasnya dia memakai nama sementara "Conan Edogawa". Sambil diam-diam menolong detektif plin-plan Kogoro Mouri memecahkan kasus yang sulit dia mengejar kawanan pria berjubah hitam.
Rena Mizunashi masuk ke rumah sakit dalam keadaan koma di bawah pengawasan FBI. Di sekelilingnya dibayangi bayangan hitam. Eisuke Hondo berhasil menyelinap dan memperlihatkan jati dirinya. Ada juga kasus pembunuhan sang Iblis dan pembunuhan dari Yomi
10 tahun lalu ketika Sinichi dan Ran masih kecil, mereka berdua menerima kode 'Redakan kemarahan Haido' dari seorang yang mengaku adiknya di perpustakaan. Mereka pun menerima tantangan mencari harta karun tersebut. Ada juga kisah Goro, kucing kesayangan Eri Kisaki, serta episode akhir sekolah detektif.
Kogoro mendapat voucher makan malam di sebuah restoran ternama. Saat itulah Ran ditawari untuk jadi pemain film action. Di tengah pembicaraan dan makan malam, Siro Kawabata, sang produser tiba-tiba tersedak dan tewas keracunan...
Kasus pencarian orang hilang membawa Conan menemukan jejak komplotan yang membuat tubuhnya mengecil. Si orang hilang ditemukan dalam keadaan tewas di sebuah hotel. Dari catatan harian yang ditinggalkannya, diketahui bahwa dia melakukan suatu transaksi dengan Vodka. Conan menggantikannya melanjutkan transasksi itu...
Mitsuhiko hilang! Ia pergi dari rumah diam-diam, membawa bekal kue beras. Ia hanya meninggalkan petunjuk nama jenderal dan wangi lemon. Pencarian membawa Conan dan kawan-kawan sampai di sebuah hutan di Gunma. Ternyata di hutan itu ada buronan pembunuh berantai. Apakah Mitsuhiko tertangkap olehnya?
Suatu hari Conan mengikuti tur peringatan Sherlock Holmes. Ternyata Heiji Hattori yang mencurigai identitas Conan pun mengikuti tur tersebut. Namun, Pak Kanaya, pemilik penginapan sekaligus penyelenggara tur, jatuh bersama mobilnya dari tebing. Setelah itu terjadi peristiwa kedua dan ketiga. Conan yang telah mengetahui pelaku sesungguhnya, menggunakan Heiji Hattori untuk menceritakan kebenaran.
Lima tahun yang lalu, seorang pria misterius menitipkan kopor dan sebuah amplop di Hotel Aoiya. Ia akan mengambil titipannya setahun kemudia. Tetapi, lima tahun berlalu, pria itu tidak juga datang. Bahkan di hutan dekat hotel ditemukan mayat yang diduga adalah pria itu. Detektif Kogoro dipanggil untuk memecahkan teka teki itu, tetapi ternyata ada Kogoro palsu yang mendahuluinya...
Conan dan kelompok detektif cilik bermain petak umpet di tempat konser. Tidak diduga, mereka bertabrakan dengan Minami Takayama, salah seorang anggota grup musik Two Mix! Minami memperdengarkan kaset demo lagu baru mereka kepada Conan dan lainnya. Tetapi, inilah awal terjadinya masalah. Minami diculik oleh seseorang!! Kembali grup detektif kecil terlibat...