Kendala pelaksanaan otonomi daerah ditemukan disana-sini. Terjadi keracunan undang-undang satu dengan undang-undang lainnya masih harus dikaji lebih jauh. Hubungan antara pemerintah pusat dan pemerintah daerah yang kian meruncing hanyalah sebagian dari permasalahan yang muncul.