Berlatar belakang Jepang abad ke-17, periode Edo, Silence mengisahkan perjalanan nasib Sebastian Rodrigues, Yesuit Portugis yang dikirim ke Jepang untuk membantu Gereja setempat dan untuk mencari tahu keadaan mantan gurunya, Ferreira, yg dikabarkan telah murtad krn tdk tahan menanggung siksaan.