Berlatar belakang Jepang abad ke-17, periode Edo, Silence mengisahkan perjalanan nasib Sebastian Rodrigues, Yesuit Portugis yang dikirim ke Jepang untuk membantu Gereja setempat dan untuk mencari tahu keadaan mantan gurunya, Ferreira, yg dikabarkan telah murtad krn tdk tahan menanggung siksaan.
Demikian selintas percakapan antara sang Alkemis dan Santiago, anak gembala yang mengikuti suara hatinya dan berkelana mengejar mimpinya. Perjalanan tersebut membawanya ke Tangier serta padang gurun Mesir, dan di sanalah dia bertemu sang Alkemis yang menuntunnya menuju harta karunnya, serta mengajarinya tentang Jiwa Dunia, cinta, kesabaran dan kegigihan.